Un homme reprend ses esprits sur une plage, il n'a aucune idée de qui il est.

A la recherche de son passé, ses seuls indices sont un tatouage "XIII" sur sa clavicule, et la clé d'un coffre dans une banque de New York.

Ce coffre contient un passeport, qui révèle son identité, mais peu après cette découverte, XIII est arrêté et accusé du meurtre de William Sheridan, le 43e président des Etats-Unis.

Comme preuve, il se voit montré un agrandissement d'une photo où on peut le voir armé d'un sniper, visant le cortège présidentiel. Malgré cette photo, il sait qu'il n'est pas coupable.

Recherché par les policiers de l'état de New York et pris en chasse par un mystérieux groupe d'assassins, l'amnésique XIII semble condamné à une mort imminente ou à une longue existence en prison.

Mais XIII n'avait pas prévu l'aide innatendue d'un certain Major Jones, qui l'aide à fuir à travers la ville de New York. Durant leur fuite, elle révèle à XIII qu'il est un agent secret à la charge du Général Carrington, un officier qui menait une enquête confidentielle sur l'assassinat présidentiel.

Carrington a été arrêté et emprisonné dans une base militaire isolée dans les Apalaches. XIII veut retrouver le Général pour le libérer et connaître son propre passé.

Et c'est ainsi que l'histoire débute...