Esta vez, Indy está en Shanghái para entregar la Urna de Hirachi a cambio de un raro diamante. El siniestro Lao Che engaña a Indy con un veneno y exige el diamante a cambio del antídoto. Indy y su nueva amiga Willie Scott entregan el diamante a los matones de Lao, consiguen el antídoto y escapan del club Obi-Wan para reunirse con el pequeño amigo de Indy, Tapón, que les espera en el coche de fuga. El grupo de Indy huye al aeropuerto con los matones de Lao pisándoles los talones.

Indy, Willie y Tapón logran salir de Shanghái, pero lo que no saben es que el avión pertenece a Lao Che. Los pilotos de Lao saltan en paracaídas, e Indy y sus amigos tienen que saltar solo con una balsa hinchable. Aterrizan en la ladera de una montaña, en una parte de nieve blanda, y se deslizan hasta un río que los lleva a una aldea india. El anciano de la aldea les dice que las sagradas piedras Sankara han sido robadas. También les dice que han desaparecido los niños de la aldea. El grupo de Indy acepta ayudarlos y viaja al palacio Pankot para buscar las piedras. Sin embargo, hay algo que huele a chamusquina...

Tras investigar en el palacio, Indy, Willie y Tapón encuentran un pasadizo secreto que conduce al subterráneo. Los pasadizos les llevan hasta el templo de Kahli e intentan recuperar las piedras de Sankara, pero los Thuggee ven a Willie y la capturan. Indy y Tapón tienen que salvarla de los esbirros Thuggee y escapar.

Tras rescatar a Willie, el grupo de Indy coge las piedras de Sankara y huye a las minas que hay detrás del templo, donde encuentran a los niños que habían desaparecido de la aldea. Durante el rescate, Tapón es capturado por los Thuggees. Indy y Willie van a buscar a Tapón y a los niños, y tienen que librarse de un feroz guardia antes de escapar por los túneles de la mina en una vagoneta.

Indy, Willie y Tapón se abren paso hasta los túneles de la mina, pero tienen que construir un par de vagonetas para poder escapar a toda prisa. Tras construir las vagonetas, recorren los túneles a velocidad de vértigo, pero se topan con un callejón sin salida.

Indy los salva a todos al usar sus zapatos para frenar la vagoneta. Entonces Mola Ram inunda los túneles para forzarlos a salir. ¡Tienen que encontrar la salida deprisa! El grupo de Indy logra encontrar una salida, pero da al borde de un barranco. Tras trepar hasta la cima, corren por la selva para escapar. Llegan a un enorme puente colgante y ven a Mola Ram y a sus secuaces al otro lado. Indy usa su ingenio y audacia para detener a Mola Ram y cruzar el puente con las piedras para devolverlas a la aldea.

La aventura comienza con Indy y su guía Satipo cruzando la selva sudamericana en busca del templo perdido de los guerreros Chipuayanos, donde se encuentra un ídolo de oro. Superan numerosas trampas y puzles en la búsqueda del ídolo. Escapan por los pelos de una roca gigante que los persigue fuera del templo. Satipo traiciona a Indy y lo entrega a Rene Belloq y a la tribu Hovitos, que obligan a Indy a entregarles el ídolo. Jock, un amigo de Indy, lo ayuda a escapar en un avión y vuelven a casa.

Indy estaba de vuelta en casa, dando clases en la universidad Barnett, cuando le piden ir a otra aventura. Esta vez tiene que encontrar el Arca de la Alianza. Para dar con ella, Indy debe viajar a Nepal para reunirse con su vieja amiga Marion, que tiene el cabezal del báculo de Ra. El cabezal puede decirles dónde está escondida el Arca. Lo que Indy no sabe es que el comandante Toht le ha seguido hasta Nepal. Toht y sus matones asaltan el café Ravenwood para robar el cabezal. Indy y Marion escapan del café por los pelos y llegan a las montañas.

Indy y Marion escapan de Nepal a través de las montañas y llegan al Cairo para encontrar a su amigo Sallah. Soldados alemanes y matones enmascarados les persiguen por las calles. Pese a los esfuerzos de Indy, Marion acaba siendo capturada por los soldados alemanes que los persiguen.

Apesadumbrado por la pérdida de Marion, Indy sigue adelante con Sallah y encuentra el pozo de las almas, donde se guarda el Arca de la Alianza. Belloq y sus matones los descubren, y se llevan el Arca después de que Sallah salga del pozo. Antes de sellarlo otra vez con la tapa de piedra y atrapar a Indy, los matones de Belloq echan a Marion al interior.

Indy y Marion encuentran una salida del pozo de las almas y se abren paso luchando por el campamento alemán para recuperar el Arca. La encuentran a bordo de un avión de transporte, pero deben combatir con un duro boxeador alemán que se interpone en su camino. Tras derrotar al boxeador, descubren que los soldados alemanes han subido el Arca a un camión y se la han llevado. Sallah aparece justo a tiempo para ayudar a Indy a alcanzar el camión y salvar el Arca.

Indy trata de llevarse el Arca a casa en un barco mercante, pero es interceptado por un submarino alemán. Los soldados se llevan el Arca y a Marion, así que Indy se cuela a escondidas en el submarino. En la base secreta del submarino, Indy se disfraza de soldado alemán para burlar al ejército en compañía de Marion. Belloq los captura y abre el Arca. Por fortuna para Indy y Marion, un montón de fantasmas escapan del Arca y asustan a Belloq y a los soldados alemanes hasta que se desmoronan, y así Indy y Marion logran traer el Arca de vuelta a casa.

Indy se embarca en una nueva aventura para encontrar a su padre, el profesor Henry Jones sénior, y buscar el Santo Grial con su viejo amigo Marcus Brody. En Venecia se reúnen con la Dra. Elsa Schneider para comenzar la búsqueda. Indy, Marcus y Elsa acaban en una biblioteca, donde el diario de Henry sénior indica que puede encontrarse la cripta secreta de Sir Richard. La X marca el lugar de la entrada a la cripta, e Indy y Elsa se aventuran en su interior. Ambos tienen que cruzar los túneles de la oscura cripta para encontrar la tumba de Sir Richard. Cuando salen de la cripta, la Hermandad los persigue y tienen que huir en una lancha rápida por los canales de la ciudad.

Kazim, de la Hermandad, cambia de actitud cuando su lancha se ve metida en aprietos e Indy lo ayuda. Tras descubrir que Henry sénior está prisionero en el castillo de Brunwald, Elsa e Indy se infiltran en él para rescatarlo. Elsa traiciona a Indy y a Henry sénior, y los deja atados en el castillo sin modo alguno de escapar.

Indy y Henry sénior encuentran un garaje con motocicletas. Se suben en un par de motos y escapan del castillo. Perseguidos por soldados alemanes, recorren a toda velocidad la campiña alemana para tratar de alcanzar el aeródromo de dirigibles.

Cuando trataban de escapar de Alemania en el interior de un dirigible, Indy y Henry sénior son descubiertos y huyen en un biplano que había colgado debajo del aparato. Indy no pilota muy bien y se estrellan en una granja, por lo que deben seguir huyendo a pie. Por desgracia, los aviones alemanes tratan de detenerlos. Tienen que recurrir a su ingenio y audacia para defenderse de los aviones y escapar sanos y salvos.

Mientras Indy y Henry sénior huyen de Alemania, Marcus Brody se pierde en el desierto y es capturado por soldados alemanes. Indy, Henry sénior y Sallah van a buscarlo y encuentran el Grial. Pero Henry sénior también es capturado. El tanque del coronel Vogel persigue a Indy y a Sallah mientras tratan de rescatar a Marcus y a Henry sénior. Indy y Sallah se ven atrapados en lo alto del vehículo, que se dirige a toda velocidad hacia un barranco mientras luchan contra los soldados alemanes.

Indy, Sallah, Henry sénior y Marcus llegan al cañón de la Media Luna donde se oculta el Santo Grial. Henry sénior se desmorona junto a Donovan y Elsa. Marcus se queda para atenderlo mientras Indy y Sallah se abren paso por los puzles del cañón. Tras hallar el Santo Grial, Indy se encuentra con el caballero del Santo Grial que lo custodia, a la espera de alguien digno que lo suceda. Donovan trata de coger el Grial, pero se equivoca y falla la prueba del Grial. Entonces Indy coge el Grial y lo usa para salvar a Henry sénior. Como no es posible sacar el Grial del cañón, lo dejan atrás y cabalgan hacia la puesta de sol.